Ο οικισμός της Πυργούς, στην επαρχία Μαλεβιζίου, την περίοδο της
Ενετοκρατίας στην Κρήτη φαίνεται να γνώρισε ιδιαίτερη ανάπτυξη, πράγμα που
αποτυπώνουν τόσο τα μνημεία του όσο και οι μαρτυρίες που διασώθηκαν για την
εγκατάσταση στο χωριό Ενετού ευγενούς ο οποίος έκτισε πύργο στο
ψηλότερο σημείο του.
Εκείνη την περίοδο, και μάλιστα κατά την πρώιμη παρουσία των
Ενετών στην Κρήτη, φαίνεται, σύμφωνα και με τις καταγραφές του Gerola, να κτίστηκε στην Πυργού κι ένας ναός
αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη των Φραγκισκανών, ένα εκ των δύο ισχυρότερων
μοναχικών ταγμάτων των Καθολικών εκείνης της εποχής.
Δυστυχώς ο αρχικός αυτός ναός δεν διασώθηκε όμως στη θέση
του, και ενδεχομένως στη βάση του, κτίστηκε το 1947 ένας νεώτερος ναός
αφιερωμένος κι εκείνος στον Άγιο Ιωάννη.
Παρατηρώντας κανείς σήμερα το κτίσμα του θα δει σε διάφορα
σημεία ενσωματωμένα μέλη από τον παλιότερο ναό όμως δυστυχώς δε σώζεται το
κομμάτι εκείνο που έφερε το διακριτικό του τάγματος των Φραγκισκανών.
Ο Άγιος Ιωάννης είναι ένας μονόχωρος ναός με μεγάλο αύλειο
χώρο, κατασκευασμένος εξ ολοκλήρου με πέτρα από τα πλούσια πετροκοπιά της Πυργούς,
τα οποία λέγεται πως διέθεσαν πέτρα
ακόμα και για το κτίσιμο του περίφημου φρουρίου του Κούλε στο Ηράκλειο αλλά και
για το ναό του Αγίου Μηνά.
Στο εσωτερικό του το τέμπλο φέρει όμορφες λιτές εικόνες της Παναγίας, του Χριστού και του Αγίου Ιωάννη ενώ στο επάνω τμήμα του, όπου συνήθως υπάρχει το δωδεκάορτο, κατά το ήμισυ βλέπουμε εικόνες Αγίων.
Παλιότερα, πληροφορίες αναφέρουν, πως γύρω από το ναό είχαν
βρεθεί τάφοι γεγονός που δεν αποκλείει τη νεκροταφειακή χρήση του.